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SNPs檢測方法

定義

單核苷酸多態(tài)性（ single nucleotide olymorphisms ,SNPs），主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA 序列多態(tài)性。

SNPs的研究意義

遺傳標(biāo)記

具有已知性、可遺傳性、可檢測性，用于疾病基因的定位、克隆和鑒定。

基因多態(tài)與疾病相關(guān)性

研究SNPs 本身對機(jī)體的影響，尤其是疾病的易感性、個(gè)性化醫(yī)療。

SNPs檢測方法的分類

1、測序方法：常規(guī)測序， Pyrosequencing（焦磷酸測序），微測序（SNaPshot）

2、基于雜交的方法：Taqman 探針法，Microarray 芯片法，

3、引物延伸：MALDI-Tof，dHPLC（變性液相色譜技術(shù)）

4、以構(gòu)象為基礎(chǔ)的方法：RFLP，SSCP，DGGE

5、溶解曲線：HRM（高分辨率溶解曲線分析技術(shù)）

溶解曲線

1、溶解曲線----HRM技術(shù)

步驟：

序列比對---引物設(shè)計(jì)--- DNA 提取---熒光染料（EvaGreen 或LC green）PCR ---結(jié)果分析。

優(yōu)點(diǎn)：

高通量、簡單、快速、省錢、高靈敏度；

閉管檢測，避免污染造成的假陽性；

可檢測已知和未知SNP；<400bp擴(kuò)增產(chǎn)物內(nèi)SNP，靈敏度和度100%。

與傳統(tǒng)的擴(kuò)增后需借助額外的儀器進(jìn)行凝膠電泳的非均一性的突變檢測（例如dHPLC）相比，HRM提供了更高特異性和靈敏度的檢測，同時(shí)允許了更高的樣本檢測通量，大大降低了成本。

缺點(diǎn)：

如LightCyclerTM 480 PCR 儀，或LightScanner 等少量儀器可以使用。專業(yè)技術(shù)要求高，需要專業(yè)人員操作。

HRM檢測成本構(gòu)成：

 DNA提取費(fèi)用；

 PCR反應(yīng)費(fèi)用；

 熒光染料Evagreen費(fèi)用（較低）。

HRM檢測SNP特點(diǎn)：

檢測成本zui低；

*真正實(shí)現(xiàn)高通量的SNP檢測方法，人工成本zui低；

*閉管操作，步驟zui少，可靠性*